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title: "Covid19 Colombia"
author: "Sandra Rairán"
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Ciudad.de.ubicación == "Medellin" ~ 5001,
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Ciudad.de.ubicación == "Popayan" ~ 19001,
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Ciudad.de.ubicación == "San Andrés" ~ 68669,
Ciudad.de.ubicación == "San Andres" ~ 68669,
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Ciudad.de.ubicación == "Guatapé" ~ 5321,
Ciudad.de.ubicación == "Guatape" ~ 5321,
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Ciudad.de.ubicación == "Villamaría" ~ 17873,
Ciudad.de.ubicación == "Villamaria" ~ 17873,
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Ciudad.de.ubicación == "La Union" ~ 76400,
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Ciudad.de.ubicación == "Fusagasuga" ~ 25290,
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Ciudad.de.ubicación == "Darién" ~ 76126,
Ciudad.de.ubicación == "Darién" ~ 76126,
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Ciudad.de.ubicación == "Cereté" ~ 23162,
Ciudad.de.ubicación == "Funza" ~ 25286,
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Ciudad.de.ubicación == "Sahagun" ~ 23660,
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Ciudad.de.ubicación == "Villapinzón" ~ 25873,
Ciudad.de.ubicación == "Villapinzon" ~ 25873,
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Ciudad.de.ubicación == "Santander de Quilichao" ~ 19698,
Ciudad.de.ubicación == "Santander De Quilichao" ~ 19698,
Ciudad.de.ubicación == "San Andrés" ~ 880001,
Ciudad.de.ubicación == "Tocancipá" ~ 63470,
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Ciudad.de.ubicación == "Cocorna" ~ 5197,
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Ciudad.de.ubicación == "Jamundí" ~ 76364,
Ciudad.de.ubicación == "Jamundi" ~ 76364,
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Ciudad.de.ubicación == "Oicata" ~ 15500,
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Ciudad.de.ubicación == "Concepcion" ~ 68207,
Ciudad.de.ubicación == "Cimitarra" ~ 68190,
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Ciudad.de.ubicación == "Santa Rosa De Cabal" ~ 66682,
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Ciudad.de.ubicación == "Choconta" ~ 25183,
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Ciudad.de.ubicación == "Ciénaga" ~ 47189,
Ciudad.de.ubicación == "Cienaga" ~ 47189,
Ciudad.de.ubicación == "Cundinamarca" ~ 11001,
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Ciudad.de.ubicación == "Facatativá" ~ 25269,
Ciudad.de.ubicación == "Facatativa" ~ 25269,
Ciudad.de.ubicación == "Gigante" ~ 41306,
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Ciudad.de.ubicación == "Quibdo" ~ 27001,
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Ciudad.de.ubicación == "bogotá" ~ 11001,
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Ciudad.de.ubicación == "popayan" ~ 19001,
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Ciudad.de.ubicación == "darién" ~ 76126,
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Ciudad.de.ubicación == "la estrella" ~ 5380,
Ciudad.de.ubicación == "tumaco" ~ 52835,
Ciudad.de.ubicación == "pasto" ~ 52001,
Ciudad.de.ubicación == "riohacha" ~ 44001,
Ciudad.de.ubicación == "zipaquirá" ~ 25899,
Ciudad.de.ubicación == "zipaquira" ~ 25899,
Ciudad.de.ubicación == "puerto santander" ~ 54553,
Ciudad.de.ubicación == "toguí" ~ 15816,
Ciudad.de.ubicación == "togui" ~ 15816,
Ciudad.de.ubicación == "montenegro" ~ 63470,
Ciudad.de.ubicación == "floridablanca" ~ 68276,
Ciudad.de.ubicación == "cumbal" ~ 52227,
Ciudad.de.ubicación == "ulloa" ~ 76845,
Ciudad.de.ubicación == "santander de quilichao" ~ 19698,
Ciudad.de.ubicación == "santander De quilichao" ~ 19698,
Ciudad.de.ubicación == "san andrés" ~ 880001,
Ciudad.de.ubicación == "tocancipá" ~ 63470,
Ciudad.de.ubicación == "filandia" ~ 63272,
Ciudad.de.ubicación == "circasia" ~ 63190,
Ciudad.de.ubicación == "anserma" ~ 17042,
Ciudad.de.ubicación == "don matías" ~ 5237,
Ciudad.de.ubicación == "don matias" ~ 5237,
Ciudad.de.ubicación == "choachí" ~ 25181,
Ciudad.de.ubicación == "cocorná" ~ 5197,
Ciudad.de.ubicación == "cocorna" ~ 5197,
Ciudad.de.ubicación == "montería" ~ 23001,
Ciudad.de.ubicación == "toguí" ~ 15816,
Ciudad.de.ubicación == "guarne" ~ 5318,
Ciudad.de.ubicación == "guacarí" ~ 76318,
Ciudad.de.ubicación == "buenaventura" ~ 76109,
Ciudad.de.ubicación == "acacias" ~ 50006,
Ciudad.de.ubicación == "tenjo" ~ 25799,
Ciudad.de.ubicación == "caldas" ~ 5129,
Ciudad.de.ubicación == "barrancabermeja" ~ 68081,
Ciudad.de.ubicación == "floridablanca" ~ 68276,
Ciudad.de.ubicación == "subachoque" ~ 25769,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de rio seco" ~ 25662,
Ciudad.de.ubicación == "puerto tejada" ~ 19573,
Ciudad.de.ubicación == "ciénaga de oro" ~ 23189,
Ciudad.de.ubicación == "santa rosa de cabal" ~ 66682,
Ciudad.de.ubicación == "tunja" ~ 15001,
Ciudad.de.ubicación == "ponedera" ~ 8560,
Ciudad.de.ubicación == "santo tomas" ~ 8685,
Ciudad.de.ubicación == "galapa" ~ 8296,
Ciudad.de.ubicación == "la tebaida" ~ 63401,
Ciudad.de.ubicación == "jamundí" ~ 76364,
Ciudad.de.ubicación == "jamundi" ~ 76364,
Ciudad.de.ubicación == "apartado" ~ 5045,
Ciudad.de.ubicación == "tenza" ~ 15798,
Ciudad.de.ubicación == "ginebra" ~ 76306,
Ciudad.de.ubicación == "andalucía" ~ 76036,
Ciudad.de.ubicación == "sincelejo" ~ 70001,
Ciudad.de.ubicación == "angostura" ~ 5038,
Ciudad.de.ubicación == "villa Del Rosario" ~ 54874,
Ciudad.de.ubicación == "sahagun" ~ 23660,
Ciudad.de.ubicación == "oicata" ~ 15500,
Ciudad.de.ubicación == "miranda" ~ 19455,
Ciudad.de.ubicación == "candelaria" ~ 76130,
Ciudad.de.ubicación == "curití" ~ 68229,
Ciudad.de.ubicación == "curiti" ~ 68229,
Ciudad.de.ubicación == "concepción" ~ 68207,
Ciudad.de.ubicación == "concepcion" ~ 68207,
Ciudad.de.ubicación == "cimitarra" ~ 68190,
Ciudad.de.ubicación == "circasia" ~ 63190,
Ciudad.de.ubicación == "piedecuesta" ~ 68547,
Ciudad.de.ubicación == "ocaña" ~ 54498,
Ciudad.de.ubicación == "cumbitara" ~ 52233,
Ciudad.de.ubicación == "darien" ~ 27150 ,
Ciudad.de.ubicación == "monteria" ~ 23001,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de Rio seco" ~ 25662,
Ciudad.de.ubicación == "cienaga de oro" ~ 23189,
Ciudad.de.ubicación == "santa rosa de cabal" ~ 66682,
Ciudad.de.ubicación == "chocontá" ~ 25183,
Ciudad.de.ubicación == "andalucia" ~ 76036,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de rio seco" ~ 25662,
Ciudad.de.ubicación == "garagoa" ~ 15299,
Ciudad.de.ubicación == "facatativa" ~ 25269,
Ciudad.de.ubicación == "contadero" ~ 52210,
Ciudad.de.ubicación == "sopo" ~ 25758,
Ciudad.de.ubicación == "choachi" ~ 25181,
Ciudad.de.ubicación == "guacari" ~ 76318,
Ciudad.de.ubicación == "choconta" ~ 25183,
Ciudad.de.ubicación == "santa sofia" ~ 15696,
Ciudad.de.ubicación == "espinal" ~ 73268,
Ciudad.de.ubicación == "nilo" ~ 25488,
Ciudad.de.ubicación == "socha" ~ 15757,
Ciudad.de.ubicación == "san diego" ~ 20750,
Ciudad.de.ubicación == "cienaga" ~ 47189,
Ciudad.de.ubicación == "bugalagrande" ~ 76113,
Ciudad.de.ubicación == "ubate" ~ 25843,
Ciudad.de.ubicación == "ciénaga" ~ 47189,
Ciudad.de.ubicación == "cienaga" ~ 47189,
Ciudad.de.ubicación == "cundinamarca" ~ 11001,
Ciudad.de.ubicación == "el cerrito" ~ 76248,
Ciudad.de.ubicación == "facatativá" ~ 25269,
Ciudad.de.ubicación == "facatativa" ~ 25269,
Ciudad.de.ubicación == "gigante" ~ 41306,
Ciudad.de.ubicación == "pitalito" ~ 41551,
Ciudad.de.ubicación == "quibdó" ~ 27001,
Ciudad.de.ubicación == "quibdo" ~ 27001,
Ciudad.de.ubicación == "sogamoso" ~ 15759,
Ciudad.de.ubicación == "suesca" ~ 25772,
Ciudad.de.ubicación == "ubaté" ~ 25843,
Ciudad.de.ubicación == "ubate" ~ 25843,
Ciudad.de.ubicación == "tierralta" ~ 23807,
Ciudad.de.ubicación == "agrado" ~ 41013,
Ciudad.de.ubicación == "baranoa" ~ 8078,
Ciudad.de.ubicación == "cerete" ~ 23162,
Ciudad.de.ubicación == "chïa" ~ 25175,
Ciudad.de.ubicación == "el reten" ~ 47268,
Ciudad.de.ubicación == "florida" ~ 76275,
Ciudad.de.ubicación == "la dorada" ~ 17380,
Ciudad.de.ubicación == "santa marta" ~ 47001,
Ciudad.de.ubicación == "santuario" ~ 66687,
Ciudad.de.ubicación == "villa del rosario" ~ 54874,
Ciudad.de.ubicación == "yotoco" ~ 76890,
Ciudad.de.ubicación == "zona bananera" ~ 47980,
Ciudad.de.ubicación == "malambo" ~ 8433,
Ciudad.de.ubicación == "fundacion" ~ 47288,
Ciudad.de.ubicación == "melgar" ~ 73449,
Ciudad.de.ubicación == "san cristobal" ~ 13620,
Ciudad.de.ubicación == "santafe de antioquia" ~ 5042,
Ciudad.de.ubicación == "san martin" ~ 20770,
Ciudad.de.ubicación == "timbio" ~ 19807,
Ciudad.de.ubicación == "marsella" ~ 66440,
Ciudad.de.ubicación == "la virginia" ~ 66400,
Ciudad.de.ubicación == "pereira" ~ 66001,
Ciudad.de.ubicación == "dos quebradas" ~ 66170,
Ciudad.de.ubicación == "copacabana" ~ 5212,
Ciudad.de.ubicación == "granada" ~ 5313,
Ciudad.de.ubicación == "sonson" ~ 5756,
Ciudad.de.ubicación == "tuquerres" ~ 52838,
Ciudad.de.ubicación == "silvania" ~ 25743,
Ciudad.de.ubicación == "restrepo" ~ 50606,
Ciudad.de.ubicación == "el banco" ~ 47245,
Ciudad.de.ubicación == "leticia" ~ 91001,
Ciudad.de.ubicación == "yarumal" ~ 5887,
Ciudad.de.ubicación == "funsa" ~ 25286,
Ciudad.de.ubicación == "cogua" ~ 25200,
Ciudad.de.ubicación == "san pedro de uraba" ~ 5665,
Ciudad.de.ubicación == "barranco de loba" ~ 13074,
Ciudad.de.ubicación == "amaga" ~ 5030,
Ciudad.de.ubicación == "sibate" ~ 25740,
Ciudad.de.ubicación == "florencia" ~ 18001,
Ciudad.de.ubicación == "paicol" ~ 41518,
Ciudad.de.ubicación == "acevedo" ~ 41006,
Ciudad.de.ubicación == "timana" ~ 41807,
Ciudad.de.ubicación == "san jose de isnos" ~ 41359,
Ciudad.de.ubicación == "isnos (san jose de isnos)" ~ 41359,
Ciudad.de.ubicación == "san agustin" ~ 41668,
Ciudad.de.ubicación == "san agustín" ~ 41668,
Ciudad.de.ubicación == "garzon" ~ 41298,
Ciudad.de.ubicación == "sonsón" ~ 5756,
Ciudad.de.ubicación == "sonson" ~ 5756,
Ciudad.de.ubicación == "vijes" ~ 76869,
Ciudad.de.ubicación == "sibaté" ~ 25740,
Ciudad.de.ubicación == "timaná" ~ 41807,
Ciudad.de.ubicación == "garzón" ~ 41298,
Ciudad.de.ubicación == "garzon" ~ 41298,
Ciudad.de.ubicación == "donmatías" ~ 5237,
Ciudad.de.ubicación == "togüí" ~ 15816,
Ciudad.de.ubicación == "toguí" ~ 15816,
Ciudad.de.ubicación == "san andrés de tumaco" ~ 52835,
Ciudad.de.ubicación == "san andres de tumaco" ~ 52835,
Ciudad.de.ubicación == "san pedro de urabá" ~ 5665,
Ciudad.de.ubicación == "san pedro de uraba" ~ 5665,
Ciudad.de.ubicación == "san cristóbal" ~ 13620,
Ciudad.de.ubicación == "san cristobal" ~ 13620,
Ciudad.de.ubicación == "santa fé de antioquia" ~ 5042,
Ciudad.de.ubicación == "santa fe de antioquia" ~ 5042,
Ciudad.de.ubicación == "san martín" ~ 20770,
Ciudad.de.ubicación == "timbío" ~ 19807,
Ciudad.de.ubicación == "túquerres" ~ 52838,
Ciudad.de.ubicación == "amagá" ~ 5030,
Ciudad.de.ubicación == "acacías" ~ 50006,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de rioseco" ~ 25662,
Ciudad.de.ubicación == "santo tomás" ~ 8685,
Ciudad.de.ubicación == "santa sofía" ~ 15696,
Ciudad.de.ubicación == "fundación" ~ 47288,
Ciudad.de.ubicación == "retiro" ~ 5607,
Ciudad.de.ubicación == "villa de san diego de ubaté" ~ 25843,
Ciudad.de.ubicación == "el santuario" ~ 5697,
Ciudad.de.ubicación == "aquitania" ~ 15047,
Ciudad.de.ubicación == "aipe" ~ 41016,
Ciudad.de.ubicación == "el colegio" ~ 25245,
Ciudad.de.ubicación == "calima" ~ 76126,
Ciudad.de.ubicación == "isnos" ~ 41359,
Ciudad.de.ubicación == "calamar" ~ 13140,
Ciudad.de.ubicación == "unión panamericana" ~ 27810,
Ciudad.de.ubicación == "union panamericana" ~ 27810,
Ciudad.de.ubicación == "chocó" ~ 27,
Ciudad.de.ubicación == "sabanagrande" ~ 8634,
Ciudad.de.ubicación == "guaduas" ~ 25320,
Ciudad.de.ubicación == "barbosa" ~ 5079,
Ciudad.de.ubicación == "santa rosa" ~ 13683,
Ciudad.de.ubicación == "bosconia" ~ 20060,
Ciudad.de.ubicación == "cuaspúd" ~ 52224,
Ciudad.de.ubicación == "andes" ~ 5034,
Ciudad.de.ubicación == "cun" ~ 25,
Ciudad.de.ubicación == "santa rosa de lima" ~ 13683,
Ciudad.de.ubicación == "la paz" ~ 20621,
Ciudad.de.ubicación == "río de oro" ~ 20614,
Ciudad.de.ubicación == "rio de oro" ~ 20614,
Ciudad.de.ubicación == "puebloviejo" ~ 47570,
Ciudad.de.ubicación == "agustín codazzi" ~ 20013,
Ciudad.de.ubicación == "agustin codazzi" ~ 20013,
Ciudad.de.ubicación == "aguachica" ~ 20011,
Ciudad.de.ubicación == "guachené" ~ 19300,
Ciudad.de.ubicación == "risaralda" ~ 17616,
Ciudad.de.ubicación == "villa rica" ~ 19845,
Ciudad.de.ubicación == "el tambo" ~ 19256,
Ciudad.de.ubicación == "quimbaya" ~ 63594,
Ciudad.de.ubicación == "manatí" ~ 8436,
Ciudad.de.ubicación == "toledo" ~ 54820,
Ciudad.de.ubicación == "belén" ~ 52083,
Ciudad.de.ubicación == "codazzi" ~ 20013,
Ciudad.de.ubicación == "potosí" ~ 52560,
Ciudad.de.ubicación == "amazonas" ~ 91,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de arama" ~ 50683,
Ciudad.de.ubicación == "la plata" ~ 41396,
Ciudad.de.ubicación == "caloto" ~ 19142,
Ciudad.de.ubicación == "dagua" ~ 76233,
Ciudad.de.ubicación == "albania" ~ 44035,
Ciudad.de.ubicación == "maicao" ~ 44430,
Ciudad.de.ubicación == "san juan del cesar" ~ 44650,
Ciudad.de.ubicación == "paz de ariporo" ~ 85250,
Ciudad.de.ubicación == "guamo" ~ 73319,
Ciudad.de.ubicación == "caloto" ~ 19142,
Ciudad.de.ubicación == "algeciras" ~ 41020,
Ciudad.de.ubicación == "chiquinquirá" ~ 15176,
Ciudad.de.ubicación == "sabanalarga" ~ 8638,
Ciudad.de.ubicación == "samaná" ~ 17662,
Ciudad.de.ubicación == "medina" ~ 25438,
Ciudad.de.ubicación == "cubará" ~ 15223,
Ciudad.de.ubicación == "canalete" ~ 23090,
Ciudad.de.ubicación == "villa de leyva" ~ 15407,
Ciudad.de.ubicación == "duitama" ~ 15238,
Ciudad.de.ubicación == "samacá" ~ 15646,
Ciudad.de.ubicación == "cubará" ~ 15223,
Ciudad.de.ubicación == "la florida" ~ 52381,
Ciudad.de.ubicación == "guachucal" ~ 52317,
Ciudad.de.ubicación == "ancuyá" ~ 52036,
Ciudad.de.ubicación == "roldanillo" ~ 76622,
Ciudad.de.ubicación == "alcalá" ~ 76020,
Ciudad.de.ubicación == "ábrego" ~ 54003,
Ciudad.de.ubicación == "tibú" ~ 54810,
Ciudad.de.ubicación == "marmato" ~ 17442,
Ciudad.de.ubicación == "marquetalia" ~ 17444,
Ciudad.de.ubicación == "la jagua de ibirico" ~ 20400,
Ciudad.de.ubicación == "el bagre" ~5250,
Ciudad.de.ubicación == "chiriguaná" ~ 20178,
Ciudad.de.ubicación == "palmar de varela" ~ 8520,
Ciudad.de.ubicación == "distracción" ~ 44098,
Ciudad.de.ubicación == "chipaque" ~ 25178,
Ciudad.de.ubicación == "turbaná" ~ 13838,
Ciudad.de.ubicación == "turmequé" ~ 15835,
Ciudad.de.ubicación == "piendamó" ~ 19548,
Ciudad.de.ubicación == "norcasia" ~ 17495,
Ciudad.de.ubicación == "el carmen de viboral" ~ 5148,
Ciudad.de.ubicación == "linares" ~ 52411,
Ciudad.de.ubicación == "maría la baja" ~ 13442,
Ciudad.de.ubicación == "paipa" ~ 15516,
Ciudad.de.ubicación == "une" ~ 25845,
Ciudad.de.ubicación == "fómeque" ~ 25279,
Ciudad.de.ubicación == "magangué" ~ 13430,
Ciudad.de.ubicación == "dibulla" ~ 44090,
Ciudad.de.ubicación == "los palmitos" ~ 70418,
Ciudad.de.ubicación == "santa lucía" ~ 8675,
Ciudad.de.ubicación == "villanueva" ~ 68872,
Ciudad.de.ubicación == "santa lucía" ~ 8675,
Ciudad.de.ubicación == "montelíbano" ~ 23466,
Ciudad.de.ubicación == "riosucio" ~ 17614,
Ciudad.de.ubicación == "los patios" ~ 54405,
Ciudad.de.ubicación == "gachancipá" ~ 25295,
Ciudad.de.ubicación == "puerto leguízamo" ~ 86573 ,
Ciudad.de.ubicación == "fonseca" ~ 44279,
Ciudad.de.ubicación == "magüí" ~ 52427,
Ciudad.de.ubicación == "moniquirá" ~ 15469,
Ciudad.de.ubicación == "oporapa" ~ 41503,
Ciudad.de.ubicación == "puerto nariño" ~ 91540 ,
Ciudad.de.ubicación == "rovira" ~ 73624,
Ciudad.de.ubicación == "pamplona" ~ 54518,
Ciudad.de.ubicación == "santa rosa de viterbo" ~ 15693,
Ciudad.de.ubicación == "sesquilé" ~ 25736,
Ciudad.de.ubicación == "córdoba" ~ 63212,
Ciudad.de.ubicación == "muzo" ~ 15480,
Ciudad.de.ubicación == "cisneros" ~ 5190,
Ciudad.de.ubicación == "cácota" ~ 54125,
Ciudad.de.ubicación == "tinjacá" ~ 15808,
Ciudad.de.ubicación == "sitionuevo" ~ 47745,
Ciudad.de.ubicación == "puerto guzmán" ~ 86571,
Ciudad.de.ubicación == "providencia" ~ 88564,
Ciudad.de.ubicación == "planadas" ~ 73555,
Ciudad.de.ubicación == "pradera" ~ 76563,
Ciudad.de.ubicación == "arauca" ~ 81001,
Ciudad.de.ubicación == "aguadas" ~ 17013,
Ciudad.de.ubicación == "chimá" ~ 23168,
Ciudad.de.ubicación == "ituango" ~ 5361,
Ciudad.de.ubicación == "el zulia" ~ 54261,
Ciudad.de.ubicación == "puerto lópez" ~ 50573,
Ciudad.de.ubicación == "mitú" ~ 97001,
Ciudad.de.ubicación == "el retén" ~ 47268,
Ciudad.de.ubicación == "miraflores" ~ 15455,
Ciudad.de.ubicación == "viracachá" ~ 15879,
Ciudad.de.ubicación == "cucaita" ~ 15224,
Ciudad.de.ubicación == "san vicente del caguán" ~ 18753,
Ciudad.de.ubicación == "repelón" ~ 8606,
Ciudad.de.ubicación == "colombia" ~ 41206,
Ciudad.de.ubicación == "puerto gaitán" ~ 50568,
Ciudad.de.ubicación == "santa catalina" ~ 13673,
Ciudad.de.ubicación == "girardot" ~ 25307,
Ciudad.de.ubicación == "totoró" ~ 19824,
Ciudad.de.ubicación == "puerto asís" ~ 86568,
Ciudad.de.ubicación == "turbo" ~ 5837,
Ciudad.de.ubicación == "saladoblanco" ~ 41660,
Ciudad.de.ubicación == "aracataca" ~ 47053,
Ciudad.de.ubicación == "san luis" ~ 73678,
Ciudad.de.ubicación == "caucasia" ~ 5154,
Ciudad.de.ubicación == "tabio" ~ 25785,
Ciudad.de.ubicación == "sutamarchán" ~ 15776,
Ciudad.de.ubicación == "manzanares" ~ 17433,
Ciudad.de.ubicación == "tipacoque" ~ 15810,
Ciudad.de.ubicación == "cómbita" ~ 15204,
Ciudad.de.ubicación == "campoalegre" ~ 41132,
Ciudad.de.ubicación == "san carlos de guaroa" ~ 50680,
Ciudad.de.ubicación == "buenos aires" ~ 19110,
Ciudad.de.ubicación == "campoalegre" ~ 41132,
Ciudad.de.ubicación == "el rosal" ~ 25260,
Ciudad.de.ubicación == "juan de acosta" ~ 8132,
Ciudad.de.ubicación == "la tola" ~ 52390,
Ciudad.de.ubicación == "la cruz" ~ 52378,
Ciudad.de.ubicación == "flandes" ~ 73275,
Ciudad.de.ubicación == "socorro" ~ 68755,
Ciudad.de.ubicación == "venecia" ~ 25506,
Ciudad.de.ubicación == "ventaquemada" ~ 15861,
Ciudad.de.ubicación == "líbano" ~ 73411,
Ciudad.de.ubicación == "gonzález" ~ 20310,
Ciudad.de.ubicación == "paya" ~ 15532,
Ciudad.de.ubicación == "luruaco" ~ 8421,
Ciudad.de.ubicación == "san miguel" ~ 68684,
Ciudad.de.ubicación == "morroa" ~ 70473,
Ciudad.de.ubicación == "piedras" ~ 73547,
Ciudad.de.ubicación == "bolívar" ~ 68101,
Ciudad.de.ubicación == "clemencia" ~ 13222,
Ciudad.de.ubicación == "marinilla" ~ 5440,
Ciudad.de.ubicación == "chinú" ~ 23182,
Ciudad.de.ubicación == "usiacurí" ~ 8849,
Ciudad.de.ubicación == "san miguel de sema" ~ 15676,
Ciudad.de.ubicación == "usiacurí" ~ 8849,
Ciudad.de.ubicación == "mahates" ~ 13433,
Ciudad.de.ubicación == "aldana" ~ 52022,
Ciudad.de.ubicación == "mallama" ~ 52435,
Ciudad.de.ubicación == "honda" ~ 73349,
Ciudad.de.ubicación == "campo de la cruz" ~ 8137,
Ciudad.de.ubicación == "timbiquí" ~ 19809,
Ciudad.de.ubicación == "tubará" ~ 8832,
Ciudad.de.ubicación == "guateque" ~ 5321,
Ciudad.de.ubicación == "cerrito" ~ 68162,
Ciudad.de.ubicación == "becerril" ~ 20045,
Ciudad.de.ubicación == "cabuyaro" ~ 50124,
Ciudad.de.ubicación == "coper" ~ 15212,
Ciudad.de.ubicación == "cáqueza" ~ 25151,
Ciudad.de.ubicación == "junín" ~ 25372,
Ciudad.de.ubicación == "la mesa" ~ 25386,
Ciudad.de.ubicación == "san antonio del tequendama" ~ 25645,
Ciudad.de.ubicación == "pivijay" ~ 47551,
Ciudad.de.ubicación == "tauramena" ~ 85410,
Ciudad.de.ubicación == "valle del guamuez" ~ 86865,
Ciudad.de.ubicación == "mocoa" ~ 86001,
Ciudad.de.ubicación == "orito" ~ 86320 ,
Ciudad.de.ubicación == "olaya herrera" ~ 52490,
Ciudad.de.ubicación == "san pablo" ~ 52693,
Ciudad.de.ubicación == "el piñón" ~ 47258,
Ciudad.de.ubicación == "el copey" ~ 20238,
Ciudad.de.ubicación == "carepa" ~ 5147,
Ciudad.de.ubicación == "santa rosa del sur" ~ 13688,
Ciudad.de.ubicación == "pauna" ~ 15531,
Ciudad.de.ubicación == "zipacón" ~ 25888,
Ciudad.de.ubicación == "la playa" ~ 54398,
Ciudad.de.ubicación == "argelia" ~ 76054,
Ciudad.de.ubicación == "vianí" ~ 25867,
Ciudad.de.ubicación == "piojó" ~ 8549,
Ciudad.de.ubicación == "san onofre" ~ 70713,
Ciudad.de.ubicación == "corozal" ~ 70215,
Ciudad.de.ubicación == "francisco pizarro" ~ 52520,
Ciudad.de.ubicación == "nuevo colón" ~ 15494,
Ciudad.de.ubicación == "tasco" ~ 15790,
Ciudad.de.ubicación == "pasca" ~ 25535,
Ciudad.de.ubicación == "manta" ~ 25436,
Ciudad.de.ubicación == "boyacá" ~ 15104,
Ciudad.de.ubicación == "anolaima" ~ 25040,
Ciudad.de.ubicación == "jericó" ~ 5368,
Ciudad.de.ubicación == "tasco" ~ 15790,
Ciudad.de.ubicación == "puerto salgar" ~ 25572,
Ciudad.de.ubicación == "ubaque" ~ 25841,
Ciudad.de.ubicación == "san sebastián de mariquita" ~ 73443,
Ciudad.de.ubicación == "belén de umbría" ~ 66088,
Ciudad.de.ubicación == "el carmen de bolívar" ~ 13244,
Ciudad.de.ubicación == "san juan nepomuceno" ~ 13657,
Ciudad.de.ubicación == "mompós" ~ 13468,
Ciudad.de.ubicación == "el peñón" ~ 25258,
Ciudad.de.ubicación == "yolombó" ~ 5890,
Ciudad.de.ubicación == "girón" ~ 68306,
Ciudad.de.ubicación == "inírida" ~ 94001,
Ciudad.de.ubicación == "medio baudó" ~ 27430,
Ciudad.de.ubicación == "bojayá" ~ 27099,
Ciudad.de.ubicación == "istmina" ~ 27361,
Ciudad.de.ubicación == "tadó" ~ 27787,
Ciudad.de.ubicación == "condoto" ~ 27205,
Ciudad.de.ubicación == "cértegui" ~ 27160,
Ciudad.de.ubicación == "san juan nepomuceno" ~ 13657,
Ciudad.de.ubicación == "puerto carreño" ~ 99001,
Ciudad.de.ubicación == "buenavista" ~ 15109,
Ciudad.de.ubicación == "barbacoas" ~ 52079,
Ciudad.de.ubicación == "giraldo" ~ 5306,
Ciudad.de.ubicación == "tena" ~ 25797,
Ciudad.de.ubicación == "agua de dios" ~ 25001,
Ciudad.de.ubicación == "pueblo bello" ~ 20570,
Ciudad.de.ubicación == "bahía solano" ~ 20570,
Ciudad.de.ubicación == "hatonuevo" ~ 44378,
Ciudad.de.ubicación == "chimichagua" ~ 20175,
Ciudad.de.ubicación == "silvia" ~ 19743,
Ciudad.de.ubicación == "río quito" ~ 27600,
Ciudad.de.ubicación == "yacopí" ~ 25885,
Ciudad.de.ubicación == "lenguazaque" ~ 25407,
Ciudad.de.ubicación == "yacuanquer" ~ 52885,
Ciudad.de.ubicación == "obando" ~ 76497,
Ciudad.de.ubicación == "sevilla" ~ 76736,
Ciudad.de.ubicación == "cañasgordas" ~ 5138,
Ciudad.de.ubicación == "san sebastián de buenavista" ~ 47692,
Ciudad.de.ubicación == "lópez de micay" ~ 19418,
Ciudad.de.ubicación == "gramalote" ~ 54313,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de urabá" ~ 5659,
Ciudad.de.ubicación == "arboletes" ~ 5051,
Ciudad.de.ubicación == "guaitarilla" ~ 52320,
Ciudad.de.ubicación == "san bernardo" ~ 52685,
Ciudad.de.ubicación == "nariño" ~ 52480,
Ciudad.de.ubicación == "pupiales" ~ 52585,
Ciudad.de.ubicación == "unguía" ~ 27800,
Ciudad.de.ubicación == "cerro de san antonio" ~ 47161,
Ciudad.de.ubicación == "san bernardo" ~ 52685,
Ciudad.de.ubicación == "puerto escondido" ~ 23574,
Ciudad.de.ubicación == "guapotá" ~ 68322,
Ciudad.de.ubicación == "el charco" ~ 52250,
Ciudad.de.ubicación == "planeta rica" ~ 23555,
Ciudad.de.ubicación == "purísima de la concepción" ~ 23586,
Ciudad.de.ubicación == "valdivia" ~ 5854,
Ciudad.de.ubicación == "barrancas" ~ 44078,
Ciudad.de.ubicación == "patía" ~ 19532,
Ciudad.de.ubicación == "cabrera" ~ 25120,
Ciudad.de.ubicación == "la llanada" ~ 52385,
Ciudad.de.ubicación == "san roque" ~ 5670,
Ciudad.de.ubicación == "chigorodó" ~ 5172,
Ciudad.de.ubicación == "machetá" ~ 25426,
Ciudad.de.ubicación == "cumaral" ~ 50226,
Ciudad.de.ubicación == "puerres" ~ 52573,
Ciudad.de.ubicación == "ricaurte" ~ 52612,
Ciudad.de.ubicación == "el cairo" ~ 76246,
Ciudad.de.ubicación == "convención" ~ 54206,
Ciudad.de.ubicación == "abriaquí" ~ 5004,
Ciudad.de.ubicación == "firavitoba" ~ 15272,
Ciudad.de.ubicación == "colón" ~ 86219,
Ciudad.de.ubicación == "támesis" ~ 5789,
Ciudad.de.ubicación == "san juan de betulia" ~ 70702,
Ciudad.de.ubicación == "san marcos" ~ 70708,
Ciudad.de.ubicación == "caimito" ~ 86219,
Ciudad.de.ubicación == "apulo" ~ 25599,
Ciudad.de.ubicación == "tame" ~ 81794,
Ciudad.de.ubicación == "neira" ~ 17486,
Ciudad.de.ubicación == "los córdobas" ~ 23419,
Ciudad.de.ubicación == "albán" ~ 25019,
Ciudad.de.ubicación == "tocaima" ~ 25815,
Ciudad.de.ubicación == "arboleda" ~ 52051,
Ciudad.de.ubicación == "uribia" ~ 44847,
Ciudad.de.ubicación == "suan" ~ 8770,
Ciudad.de.ubicación == "manaure" ~ 44560,
Ciudad.de.ubicación == "san lorenzo" ~ 52687,
Ciudad.de.ubicación == "ayapel" ~ 23068,
Ciudad.de.ubicación == "corrales" ~ 15215,
Ciudad.de.ubicación == "viotá" ~ 25878,
Ciudad.de.ubicación == "atrato" ~ 27050,
Ciudad.de.ubicación == "yaguará" ~ 41885,
Ciudad.de.ubicación == "ansermanuevo" ~ 76041,
Ciudad.de.ubicación == "san luis de sincé" ~ 70742,
Ciudad.de.ubicación == "rioquito" ~ 27600,
Ciudad.de.ubicación == "toca" ~ 15814,
Ciudad.de.ubicación == "cartagena del chairá" ~ 18150,
Ciudad.de.ubicación == "el paso" ~ 20250,
Ciudad.de.ubicación == "santa ana" ~ 47707,
Ciudad.de.ubicación == "santiago de tolú" ~ 70820,
Ciudad.de.ubicación == "nechí" ~ 5495,
Ciudad.de.ubicación == "lebrija" ~ 68406,
Ciudad.de.ubicación == "tuchín" ~ 23815,
Ciudad.de.ubicación == "guatavita" ~ 25326,
Ciudad.de.ubicación == "chachagüí" ~ 52240,
Ciudad.de.ubicación == "sandoná" ~ 52683,
Ciudad.de.ubicación == "fresno" ~ 73283,
Ciudad.de.ubicación == "alto baudó" ~ 27025,
Ciudad.de.ubicación == "cotorra" ~ 23300,
Ciudad.de.ubicación == "san josé del guaviare" ~ 95001,
Ciudad.de.ubicación == "bagadó" ~ 27073,
Ciudad.de.ubicación == "tello" ~ 41799,
Ciudad.de.ubicación == "la belleza" ~ 68377,
Ciudad.de.ubicación == "tarazá" ~ 5790,
Ciudad.de.ubicación == "sasaima" ~ 25718,
Ciudad.de.ubicación == "labateca" ~ 54377,
Ciudad.de.ubicación == "mutiscua" ~ 54480,
Ciudad.de.ubicación == "villa caro" ~ 54871,
Ciudad.de.ubicación == "tarso" ~ 5792,
Ciudad.de.ubicación == "la cumbre " ~ 76677,
Ciudad.de.ubicación == "charalá" ~ 68167,
Ciudad.de.ubicación == "salgar" ~ 5642,
Ciudad.de.ubicación == "valencia" ~ 23855,
Ciudad.de.ubicación == "taminango" ~ 52786,
Ciudad.de.ubicación == "san pedro de cartago" ~ 52694,
Ciudad.de.ubicación == "sampués" ~ 70670,
Ciudad.de.ubicación == "santa bárbara" ~ 52695,
Ciudad.de.ubicación == "la cumbre" ~ 76677,
Ciudad.de.ubicación == "imués" ~ 52354,
Ciudad.de.ubicación == "curumaní" ~ 52695,
Ciudad.de.ubicación == "palmito" ~ 70523,
Ciudad.de.ubicación == "el peñol" ~ 52254,
Ciudad.de.ubicación == "pueblo nuevo" ~ 23570,
Ciudad.de.ubicación == "el cantón de san pablo" ~ 27135,
Ciudad.de.ubicación == "guapí" ~ 19318,
Ciudad.de.ubicación == "cachipay" ~ 25123,
Ciudad.de.ubicación == "rivera" ~ 41615,
Ciudad.de.ubicación == "nátaga" ~ 41483,
Ciudad.de.ubicación == "palestina" ~ 41530,
Ciudad.de.ubicación == "san vicente de chucurí" ~ 68689,
Ciudad.de.ubicación == "murillo" ~ 73461,
Ciudad.de.ubicación == "ariguaní" ~ 47058,
Ciudad.de.ubicación == "el cantón san pablo" ~ 27135,
Ciudad.de.ubicación == "santiago" ~ 86760,
Ciudad.de.ubicación == "guaranda" ~ 70265,
Ciudad.de.ubicación == "manaure balcón del cesar" ~ 20443,
Ciudad.de.ubicación == "purificación" ~ 73585,
Ciudad.de.ubicación == "girardota" ~ 5308,
Ciudad.de.ubicación == "suaita" ~ 68770,
Ciudad.de.ubicación == "río viejo" ~ 13600,
Ciudad.de.ubicación == "málaga" ~ 68432,
Ciudad.de.ubicación == "caicedo" ~ 5125,
Ciudad.de.ubicación == "yavaraté" ~ 97889,
Ciudad.de.ubicación == "villarrica" ~ 73873,
Ciudad.de.ubicación == "majagual" ~ 70429,
Ciudad.de.ubicación == "roberto payán" ~ 52621,
Ciudad.de.ubicación == "sucre" ~ 70771,
Ciudad.de.ubicación == "guataquí" ~ 25324,
Ciudad.de.ubicación == "guayatá" ~ 15325,
Ciudad.de.ubicación == "galeras" ~ 70235,
Ciudad.de.ubicación == "san bernardo del viento" ~ 23675,
Ciudad.de.ubicación == "sardinata" ~ 54720,
Ciudad.de.ubicación == "dabeiba" ~ 5234,
Ciudad.de.ubicación == "hispania" ~ 5353,
Ciudad.de.ubicación == "el carmen de atrato" ~ 27245,
Ciudad.de.ubicación == "maceo" ~ 5425,
Ciudad.de.ubicación == "san antonio" ~ 73675,
Ciudad.de.ubicación == "pailitas" ~ 20517,
Ciudad.de.ubicación == "sabana de torres" ~ 68655,
Ciudad.de.ubicación == "cucunubá" ~ 25224,
Ciudad.de.ubicación == "san martín de loba" ~ 13667,
Ciudad.de.ubicación == "chaparral" ~ 73168,
Ciudad.de.ubicación == "margarita" ~ 13440,
Ciudad.de.ubicación == "san fernando" ~ 13650,
Ciudad.de.ubicación == "tiquisio" ~ 13810,
Ciudad.de.ubicación == "hobo" ~ 41349,
Ciudad.de.ubicación == "lloró" ~ 27413,
Ciudad.de.ubicación == "puerto wilches" ~ 68575,
Ciudad.de.ubicación == "mongua" ~ 15464,
Ciudad.de.ubicación == "vistahermosa" ~ 50711,
Ciudad.de.ubicación == "cicuco" ~ 13188,
Ciudad.de.ubicación == "antioquia" ~ 5,
Ciudad.de.ubicación == "vigía del fuerte" ~ 5873,
Ciudad.de.ubicación == "simijaca" ~ 25745,
Ciudad.de.ubicación == "san pelayo" ~ 23686,
Ciudad.de.ubicación == "pedraza" ~ 47441,
Ciudad.de.ubicación == "samaniego" ~ 52678,
Ciudad.de.ubicación == "gamarra" ~ 20295,
Ciudad.de.ubicación == "villa de de ubaté" ~ 25843,
Ciudad.de.ubicación == "ubaté" ~ 25843,
Ciudad.de.ubicación == "coyaima" ~ 73217,
Ciudad.de.ubicación == "san andrés de cuerquía" ~ 5647,
Ciudad.de.ubicación == "natagaima" ~ 73483,
Ciudad.de.ubicación == "cajamarca" ~ 73124,
Ciudad.de.ubicación == "bajo baudó" ~ 27077,
Ciudad.de.ubicación == "la gloria" ~ 20383,
Ciudad.de.ubicación == "puerto libertador" ~ 23580,
Ciudad.de.ubicación == "tolú viejo" ~ 70823,
Ciudad.de.ubicación == "astrea" ~ 20032,
Ciudad.de.ubicación == "plato" ~ 47555,
Ciudad.de.ubicación == "arauquita" ~ 81065,
Ciudad.de.ubicación == "pueblo rico" ~ 66572,
Ciudad.de.ubicación == "san andrés de sotavento" ~ 23670,
Ciudad.de.ubicación == "moñitos" ~ 23500,
Ciudad.de.ubicación == "cajibío" ~ 19130,
Ciudad.de.ubicación == "caldono" ~ 19137,
Ciudad.de.ubicación == "san jacinto" ~ 13654,
Ciudad.de.ubicación == "beltrán" ~ 25086,
Ciudad.de.ubicación == "aguazul" ~ 85010,
Ciudad.de.ubicación == "zarzal" ~ 76895,
Ciudad.de.ubicación == "pijiño del carmen" ~ 47545,
Ciudad.de.ubicación == "san carlos" ~ 23678,
Ciudad.de.ubicación == "zambrano" ~ 13894,
Ciudad.de.ubicación == "soplaviento" ~ 13760,
Ciudad.de.ubicación == "coloso" ~ 70204,
Ciudad.de.ubicación == "cáceres" ~ 5120,
Ciudad.de.ubicación == "guasca" ~ 25322,
Ciudad.de.ubicación == "aranzazu" ~ 17050,
Ciudad.de.ubicación == "puerto berrío" ~ 5579,
Ciudad.de.ubicación == "pamplonita" ~ 54520,
Ciudad.de.ubicación == "el roble" ~ 70233,
Ciudad.de.ubicación == "bojacá" ~ 25099,
Ciudad.de.ubicación == "san estanislao" ~ 13647,
Ciudad.de.ubicación == "san alberto" ~ 20710,
Ciudad.de.ubicación == "caracolí" ~ 5142,
Ciudad.de.ubicación == "tamalameque" ~ 20787,
Ciudad.de.ubicación == "el carmen de chucurí" ~ 68235,
Ciudad.de.ubicación == "balboa" ~ 19075,
Ciudad.de.ubicación == "saravena" ~ 81736,
Ciudad.de.ubicación == "arenal" ~ 13042,
Ciudad.de.ubicación == "san antero" ~ 23672,
Ciudad.de.ubicación == "taraira" ~ 97666,
Ciudad.de.ubicación == "remedios" ~ 5604,
Ciudad.de.ubicación == "silos" ~ 54743,
Ciudad.de.ubicación == "chalán" ~ 70230,
Ciudad.de.ubicación == "la vega" ~ 25402,
Ciudad.de.ubicación == "maripí" ~ 15442,
Ciudad.de.ubicación == "coveñas" ~ 70221,
Ciudad.de.ubicación == "ramiriquí" ~ 15599,
Ciudad.de.ubicación == "susacón" ~ 15774,
Ciudad.de.ubicación == "anzá" ~ 5044,
Ciudad.de.ubicación == "nemocón" ~ 25486,
Ciudad.de.ubicación == "ubalá" ~ 25839,
Ciudad.de.ubicación == "lérida" ~ 73408,
Ciudad.de.ubicación == "apía" ~ 66045,
Ciudad.de.ubicación == "fredonia" ~ 5282,
Ciudad.de.ubicación == "maní" ~ 85139,
Ciudad.de.ubicación == "anorí" ~ 5040,
Ciudad.de.ubicación == "pelaya" ~ 20550,
Ciudad.de.ubicación == "ovejas" ~ 70508,
Ciudad.de.ubicación == "san benito abad" ~ 70678,
Ciudad.de.ubicación == "guamal" ~ 47318,
Ciudad.de.ubicación == "remolino" ~ 47605,
Ciudad.de.ubicación == "la palma" ~ 25394,
Ciudad.de.ubicación == "corinto" ~ 19212,
Ciudad.de.ubicación == "el águila" ~ 76243,
Ciudad.de.ubicación == "ciudad bolívar" ~ 5101,
Ciudad.de.ubicación == "carmen de carupa" ~ 25154,
Ciudad.de.ubicación == "caicedonia" ~ 76122,
Ciudad.de.ubicación == "mutatá" ~ 5480,
Ciudad.de.ubicación == "la celia" ~ 66383,
Ciudad.de.ubicación == "barichara" ~ 68079,
Ciudad.de.ubicación == "buriticá" ~ 5113,
Ciudad.de.ubicación == "puerto nare" ~ 5585,
Ciudad.de.ubicación == "murindó" ~ 5475,
Ciudad.de.ubicación == "montecristo" ~ 13458,
Ciudad.de.ubicación == "pinillos" ~ 13549,
Ciudad.de.ubicación == "arroyohondo" ~ 13062,
Ciudad.de.ubicación == "toribío" ~ 19821,
Ciudad.de.ubicación == "puerto parra" ~ 68573,
Ciudad.de.ubicación == "nobsa" ~ 15491,
Ciudad.de.ubicación == "pore" ~ 85263,
Ciudad.de.ubicación == "funes" ~ 52287,
Ciudad.de.ubicación == "acandí" ~ 27006,
Ciudad.de.ubicación == "bochalema" ~ 54099,
Ciudad.de.ubicación == "necoclí" ~ 5490,
Ciudad.de.ubicación == "altos del rosario" ~ 13030,
Ciudad.de.ubicación == "gámeza" ~ 15296,
Ciudad.de.ubicación == "san gil" ~ 68679,
Ciudad.de.ubicación == "vergara" ~ 25862,
Ciudad.de.ubicación == "alvarado" ~ 73026,
Ciudad.de.ubicación == "la uvita" ~ 15403,
Ciudad.de.ubicación == "nocaima" ~ 25491,
Ciudad.de.ubicación == "puerto boyacá" ~ 15572,
Ciudad.de.ubicación == "tota" ~ 15822,
Ciudad.de.ubicación == "puerto triunfo" ~ 5591,
Ciudad.de.ubicación == "rosas" ~ 19622,
Ciudad.de.ubicación == "medio san juan" ~ 27450,
Ciudad.de.ubicación == "chitagá" ~ 54174,
Ciudad.de.ubicación == "la apartada" ~ 23350,
Ciudad.de.ubicación == "heliconia" ~ 5347,
Ciudad.de.ubicación == "los andes" ~ 52418,
Ciudad.de.ubicación == "medio atrato" ~ 27425,
Ciudad.de.ubicación == "consacá" ~ 52207,
Ciudad.de.ubicación == "quetame" ~ 25594,
Ciudad.de.ubicación == "ebéjico" ~ 5240,
Ciudad.de.ubicación == "segovia" ~ 5736,
Ciudad.de.ubicación == "achí" ~ 13006,
Ciudad.de.ubicación == "betulia" ~ 5093,
Ciudad.de.ubicación == "zaragoza" ~ 5895,
Ciudad.de.ubicación == "guavatá" ~ 68324,
Ciudad.de.ubicación == "covarachía" ~ 15218,
Ciudad.de.ubicación == "casabianca" ~ 73152,
Ciudad.de.ubicación == "san felipe" ~ 94883,
Ciudad.de.ubicación == "mapiripana" ~ 94663,
Ciudad.de.ubicación == "el molino" ~ 44110,
Ciudad.de.ubicación == "concordia" ~ 47205,
Ciudad.de.ubicación == "la chorrera" ~ 91405,
Ciudad.de.ubicación == "solita" ~ 18785,
Ciudad.de.ubicación == "el doncello" ~ 18247,
Ciudad.de.ubicación == "mercaderes" ~ 19450,
Ciudad.de.ubicación == "padilla" ~ 19513,
Ciudad.de.ubicación == "gualmatán" ~ 52323,
Ciudad.de.ubicación == "briceño" ~ 5107,
Ciudad.de.ubicación == "san vicente ferrer" ~ 5674,
Ciudad.de.ubicación == "morales" ~ 19473,
Ciudad.de.ubicación == "los santos" ~ 68418,
Ciudad.de.ubicación == "tausa" ~ 25793,
Ciudad.de.ubicación == "entrerríos" ~ 5264,
Ciudad.de.ubicación == "pana pana" ~ 94887,
Ciudad.de.ubicación == "oiba" ~ 94887,
Ciudad.de.ubicación == "pana pana" ~ 68500,
Ciudad.de.ubicación == "galán" ~ 94887,
Ciudad.de.ubicación == "puerto rico" ~ 18592,
Ciudad.de.ubicación == "tibasosa" ~ 15806,
Ciudad.de.ubicación == "suárez" ~ 19780,
Ciudad.de.ubicación == "siachoque" ~ 15740,
Ciudad.de.ubicación == "abejorral" ~ 5002,
Ciudad.de.ubicación == "ragonvalia" ~ 54599,
Ciudad.de.ubicación == "sopetrán" ~ 5761,
Ciudad.de.ubicación == "peque" ~ 5543,
Ciudad.de.ubicación == "carmen del darién" ~ 27150,
Ciudad.de.ubicación == "mogotes" ~ 68464,
Ciudad.de.ubicación == "san josé del fragua" ~ 18610,
Ciudad.de.ubicación == "supía" ~ 17777,
Ciudad.de.ubicación == "santa helena del opón" ~ 68720,
Ciudad.de.ubicación == "armero" ~ 73055,
Ciudad.de.ubicación == "hato" ~ 68344,
Ciudad.de.ubicación == "arbeláez" ~ 25053,
Ciudad.de.ubicación == "villagarzón" ~ 86885,
Ciudad.de.ubicación == "momil" ~ 23464,
Ciudad.de.ubicación == "leiva" ~ 52405,
Ciudad.de.ubicación == "santa isabel" ~ 73686,
Ciudad.de.ubicación == "valparaíso" ~ 5856,
Ciudad.de.ubicación == "san pedro los milagros" ~ 5664,
Ciudad.de.ubicación == "hatillo de loba" ~ 13300,
Ciudad.de.ubicación == "tibaná" ~ 15804,
Ciudad.de.ubicación == "san josé de uré" ~ 23682,
Ciudad.de.ubicación == "bituima" ~ 25095,
Ciudad.de.ubicación == "chinácota" ~ 54172,
Ciudad.de.ubicación == "gómez platal" ~ 5310,
Ciudad.de.ubicación == "tibaná" ~ 15804,
Ciudad.de.ubicación == "gachalá" ~ 25293,
Ciudad.de.ubicación == "saboyá" ~ 15632,
Ciudad.de.ubicación == "norosí" ~ 13490,
Ciudad.de.ubicación == "alpujarra" ~ 73024,
Ciudad.de.ubicación == "cantagallo" ~ 13160,
Ciudad.de.ubicación == "gómez plata" ~ 5310,
Ciudad.de.ubicación == "uramita" ~ 5842,
Ciudad.de.ubicación == "titiribí" ~ 5809,
Ciudad.de.ubicación == "onzaga" ~ 68502,
Ciudad.de.ubicación == "orocué" ~ 85230,
Ciudad.de.ubicación == "rioblanco" ~ 73616,
Ciudad.de.ubicación == "suaza" ~ 41770,
Ciudad.de.ubicación == "gachetá" ~ 25297,
Ciudad.de.ubicación == "fúquene" ~ 25288,
Ciudad.de.ubicación == "belén de los andaquíes" ~ 18094,
Ciudad.de.ubicación == "san rafael" ~ 5667,
Ciudad.de.ubicación == "la pedrera" ~ 91407,
Ciudad.de.ubicación == "ciénega" ~ 15189,
Ciudad.de.ubicación == "urumita" ~ 44855,
Ciudad.de.ubicación == "san cayetano" ~ 54673,
Ciudad.de.ubicación == "el castillo" ~ 50251,
Ciudad.de.ubicación == "landázuri" ~ 68385,
Ciudad.de.ubicación == "caparrapí" ~ 25148,
Ciudad.de.ubicación == "saldaña" ~ 73671,
Ciudad.de.ubicación == "santo domingo" ~ 5690,
Ciudad.de.ubicación == "cepitá" ~ 68160,
Ciudad.de.ubicación == "dolores" ~ 73236,
Ciudad.de.ubicación == "urrao" ~ 5847,
Ciudad.de.ubicación == "tarqui" ~ 41791,
Ciudad.de.ubicación == "san josé la montaña" ~ 5658,
Ciudad.de.ubicación == "olaya" ~ 5501,
Ciudad.de.ubicación == "villavieja" ~ 41872,
Ciudad.de.ubicación == "castilla la nueva" ~ 50150,
Ciudad.de.ubicación == "supatá" ~ 25777,
Ciudad.de.ubicación == "nimaima" ~ 25489,
Ciudad.de.ubicación == "valle de san josé" ~ 68855,
Ciudad.de.ubicación == "soatá" ~ 15753,
Ciudad.de.ubicación == "san jacinto del cauca" ~ 13655,
Ciudad.de.ubicación == "nueva granada" ~ 47460,
Ciudad.de.ubicación == "soracá" ~ 15764,
Ciudad.de.ubicación == "tuta" ~ 15837,
Ciudad.de.ubicación == "belmira" ~ 5086,
Ciudad.de.ubicación == "santa bárbara de pinto" ~ 47720,
Ciudad.de.ubicación == "san zenón" ~ 47703,
Ciudad.de.ubicación == "quebradanegra" ~ 25592,
Ciudad.de.ubicación == "san luis de cubarral" ~ 50223,
Ciudad.de.ubicación == "san jerónimo" ~ 5656,
Ciudad.de.ubicación == "monguí" ~ 15466,
Ciudad.de.ubicación == "monterrey" ~ 85162,
Ciudad.de.ubicación == "puerto caicedo" ~ 86569,
Ciudad.de.ubicación == "la primavera" ~ 99524,
Ciudad.de.ubicación == "versalles" ~ 76863,
Ciudad.de.ubicación == "anzoátegui" ~ 73043,
Ciudad.de.ubicación == "pital" ~ 41548,
Ciudad.de.ubicación == "san joaquín" ~ 68682,
Ciudad.de.ubicación == "campamento" ~ 5134,
Ciudad.de.ubicación == "arboledas" ~ 54051,
Ciudad.de.ubicación == "quinchía" ~ 66594,
Ciudad.de.ubicación == "talaigua nuevo" ~ 13780,
Ciudad.de.ubicación == "ortega" ~ 73504,
Ciudad.de.ubicación == "herveo" ~ 73347,
Ciudad.de.ubicación == "chivolo" ~ 47170,
Ciudad.de.ubicación == "salento" ~ 63690,
Ciudad.de.ubicación == "la montañita" ~ 18410,
Ciudad.de.ubicación == "fosca" ~ 25281,
Ciudad.de.ubicación == "el paujíl" ~ 18256,
Ciudad.de.ubicación == "morelia" ~ 18479,
Ciudad.de.ubicación == "liborina" ~ 5411,
Ciudad.de.ubicación == "buesaco" ~ 52110,
Ciudad.de.ubicación == "la victoria" ~ 76403,
Ciudad.de.ubicación == "nóvita" ~ 27491,
Ciudad.de.ubicación == "palocabildo " ~ 73520,
Ciudad.de.ubicación == "aguada" ~ 68013,
Ciudad.de.ubicación == "mesetas" ~ 50330,
Ciudad.de.ubicación == "pácora" ~ 17513,
Ciudad.de.ubicación == "vegachí" ~ 5858,
Ciudad.de.ubicación == "palocabildo" ~ 73520,
Ciudad.de.ubicación == "california" ~ 68132,
Ciudad.de.ubicación == "san calixto" ~ 54670,
Ciudad.de.ubicación == "íquira" ~ 41357,
Ciudad.de.ubicación == "algarrobo" ~ 47030,
Ciudad.de.ubicación == "sibundoy" ~ 86749,
Ciudad.de.ubicación == "arcabuco" ~ 15051,
Ciudad.de.ubicación == "sáchica" ~ 15638,
Ciudad.de.ubicación == "hato corozal" ~ 85125,
Ciudad.de.ubicación == "mapiripán" ~ 50325,
Ciudad.de.ubicación == "matanza" ~ 68432,
Ciudad.de.ubicación == "nuquí" ~ 27495,
Ciudad.de.ubicación == "el tarra" ~ 54250,
Ciudad.de.ubicación == "durania" ~ 54239,
Ciudad.de.ubicación == "gama" ~ 25299,
Ciudad.de.ubicación == "pandi" ~ 25524,
Ciudad.de.ubicación == "génova" ~ 63302,
Ciudad.de.ubicación == "páramo" ~ 68533,
Ciudad.de.ubicación == "san josé de miranda" ~ 68684,
Ciudad.de.ubicación == "páez" ~ 19517,
Ciudad.de.ubicación == "carmen de apicalá" ~ 73148,
Ciudad.de.ubicación == "salamina" ~ 17653,
Ciudad.de.ubicación == "jambaló" ~ 19364,
Ciudad.de.ubicación == "carolina" ~ 5150,
Ciudad.de.ubicación == "peñol" ~ 5541,
Ciudad.de.ubicación == "iza" ~ 15362,
Ciudad.de.ubicación == "guadalupe" ~ 41319,
Ciudad.de.ubicación == "paratebueno" ~ 25530,
Ciudad.de.ubicación == "la sierra" ~ 19392,
Ciudad.de.ubicación == "la esperanza" ~ 54385,
Ciudad.de.ubicación == "belalcázar" ~ 17088,
Ciudad.de.ubicación == "útica" ~ 25851,
Ciudad.de.ubicación == "ataco" ~ 73067,
Ciudad.de.ubicación == "lourdes" ~ 54418,
Ciudad.de.ubicación == "yondó" ~ 5893,
Ciudad.de.ubicación == "yondó" ~ 5893,
Ciudad.de.ubicación == "chíquiza" ~ 15232,
Ciudad.de.ubicación == "magdalena" ~ 47,
Ciudad.de.ubicación == "tarapacá" ~ 91798,
Ciudad.de.ubicación == "amalfi" ~ 5031,
Ciudad.de.ubicación == "aratoca" ~ 68051,
Ciudad.de.ubicación == "el guamo" ~ 13248,
Ciudad.de.ubicación == "el playón" ~ 68255,
Ciudad.de.ubicación == "vélez" ~ 68861,
Ciudad.de.ubicación == "guachetá" ~ 25317,
Ciudad.de.ubicación == "la argentina" ~ 41378,
Ciudad.de.ubicación == "ambalema" ~ 73030,
Ciudad.de.ubicación == "santacruz" ~ 52699,
Ciudad.de.ubicación == "teruel" ~ 41801,
Ciudad.de.ubicación == "quípama" ~ 15580,
Ciudad.de.ubicación == "cunday" ~ 73226,
Ciudad.de.ubicación == "solano" ~ 18765,
Ciudad.de.ubicación == "fuente de oro" ~ 50287,
Ciudad.de.ubicación == "trinidad" ~ 85430,
Ciudad.de.ubicación == "cuítiva" ~ 15226,
Ciudad.de.ubicación == "la pintada" ~ 5390,
Ciudad.de.ubicación == "la macarena" ~ 50350,
Ciudad.de.ubicación == "jardín" ~ 5364,
Ciudad.de.ubicación == "la jagua del pilar" ~ 44420,
Ciudad.de.ubicación == "carcasí" ~ 68152,
Ciudad.de.ubicación == "icononzo" ~ 73352,
Ciudad.de.ubicación == "tangua" ~ 52788,
Ciudad.de.ubicación == "angelópolis" ~ 5036,
Ciudad.de.ubicación == "pesca" ~ 15542,
Ciudad.de.ubicación == "toro" ~ 76823,
Ciudad.de.ubicación == "prado" ~ 73563,
Ciudad.de.ubicación == "teorama" ~ 54800,
Ciudad.de.ubicación == "curillo" ~ 18205,
Ciudad.de.ubicación == "zapatoca" ~ 68895,
Ciudad.de.ubicación == "regidor" ~ 13580,
Ciudad.de.ubicación == "motavita" ~ 15476,
Ciudad.de.ubicación == "milán" ~ 18460,
Ciudad.de.ubicación == "venadillo" ~ 73861,
Ciudad.de.ubicación == "baraya" ~ 41078,
Ciudad.de.ubicación == "el carmen" ~ 54245,
Ciudad.de.ubicación == "betania" ~ 5091,
Ciudad.de.ubicación == "san benito" ~ 68673,
Ciudad.de.ubicación == "chaguaní" ~ 25168,
Ciudad.de.ubicación == "santa maría" ~ 41676,
Ciudad.de.ubicación == "confines" ~ 68209,
Ciudad.de.ubicación == "el guacamayo" ~ 68245,
Ciudad.de.ubicación == "altamira" ~ 41026,
Ciudad.de.ubicación == "zapayán" ~ 47960,
Ciudad.de.ubicación == "pinchote" ~ 68549,
Ciudad.de.ubicación == "la merced" ~ 17388,
Ciudad.de.ubicación == "villagómez" ~ 25871,
Ciudad.de.ubicación == "úmbita" ~ 15842,
Ciudad.de.ubicación == "iles" ~ 52352,
Ciudad.de.ubicación == "fortul" ~ 81300,
Ciudad.de.ubicación == "sotaquirá" ~ 15763,
Ciudad.de.ubicación == "pachavita" ~ 15511,
Ciudad.de.ubicación == "coromoro" ~ 68217,
Ciudad.de.ubicación == "cumaribo" ~ 99773,
Ciudad.de.ubicación == "tona" ~ 68820,
Ciudad.de.ubicación == "almeida" ~ 15022,
Ciudad.de.ubicación == "sabanas de san ángel" ~ 47660,
Ciudad.de.ubicación == "valle de san juan" ~ 73854,
Ciudad.de.ubicación == "vetas" ~ 68867,
Ciudad.de.ubicación == "san pablo de borbur" ~ 15681,
Ciudad.de.ubicación == "chipatá" ~ 68179,
Ciudad.de.ubicación == "zetaquira" ~ 15897,
Ciudad.de.ubicación == "pensilvania" ~ 17541,
Ciudad.de.ubicación == "barranco minas" ~ 94343,
Ciudad.de.ubicación == "sapuyes" ~ 52720,
Ciudad.de.ubicación == "bucarasica" ~ 54109,
Ciudad.de.ubicación == "villahermosa" ~ 73870,
Ciudad.de.ubicación == "guaca" ~ 68318,
Ciudad.de.ubicación == "cucutilla" ~ 54223,
Ciudad.de.ubicación == "caramanta" ~ 5145,
Ciudad.de.ubicación == "río iró" ~ 27580,
Ciudad.de.ubicación == "guayabetal" ~ 25335,
Ciudad.de.ubicación == "puracé" ~ 19585,
Ciudad.de.ubicación == "elías" ~ 41244,
Ciudad.de.ubicación == "pueblorrico" ~ 5576,
Ciudad.de.ubicación == "inzá" ~ 19355,
Ciudad.de.ubicación == "otanche" ~ 15507,
Ciudad.de.ubicación == "molagavita" ~ 68468,
Ciudad.de.ubicación == "alejandría" ~ 5021,
Ciudad.de.ubicación == "tópaga" ~ 15820,
Ciudad.de.ubicación == "sativasur" ~ 15723,
Ciudad.de.ubicación == "guayabal de síquima" ~ 25328,
Ciudad.de.ubicación == "pacoa" ~ 97511,
Ciudad.de.ubicación == "sotara" ~ 19760,
Ciudad.de.ubicación == "guacamayas" ~ 15317,
Ciudad.de.ubicación == "sutatausa" ~ 25781,
Ciudad.de.ubicación == "barranca de upía" ~ 50110,
Ciudad.de.ubicación == "capitanejo" ~ 68147,
Ciudad.de.ubicación == "pijao" ~ 63548,
Ciudad.de.ubicación == "contratación" ~ 68211,
Ciudad.de.ubicación == "riofrío" ~ 76616,
Ciudad.de.ubicación == "pajarito" ~ 15518,
Ciudad.de.ubicación == "hacarí" ~ 54344,
Ciudad.de.ubicación == "herrán" ~ 54347,
Ciudad.de.ubicación == "el espino" ~ 15248,
Ciudad.de.ubicación == "chita" ~ 15183,
Ciudad.de.ubicación == "lejanías" ~ 50400,
Ciudad.de.ubicación == "chima" ~ 68176,
Ciudad.de.ubicación == "san josé de pare" ~ 15664,
Ciudad.de.ubicación == "san luis de palenque" ~ 85325,
Ciudad.de.ubicación == "tenerife" ~ 47798,
Ciudad.de.ubicación == "jenesano" ~ 15367,
Ciudad.de.ubicación == "ráquira" ~ 15600,
Ciudad.de.ubicación == "coello" ~ 73200,
Ciudad.de.ubicación == "puerto lleras" ~ 50577,
Ciudad.de.ubicación == "boavita" ~ 15097,
Ciudad.de.ubicación == "guática" ~ 66318,
Ciudad.de.ubicación == "mistrató" ~ 66456,
Ciudad.de.ubicación == "chiscas" ~ 15180,
Ciudad.de.ubicación == "gutiérrez" ~ 25339,
Ciudad.de.ubicación == "socotá" ~ 15755,
Ciudad.de.ubicación == "san luis de gaceno" ~ 15667,
Ciudad.de.ubicación == "chivatá" ~ 15187,
Ciudad.de.ubicación == "el cocuy" ~ 15244,
Ciudad.de.ubicación == "paz de río" ~ 15537,
Ciudad.de.ubicación == "puerto concordia" ~ 50450,
Ciudad.de.ubicación == "el retorno" ~ 95025,
Ciudad.de.ubicación == "cáchira" ~ 54128,
Ciudad.de.ubicación == "victoria" ~ 17873,
Ciudad.de.ubicación == "salazar" ~ 54660,
Ciudad.de.ubicación == "chitaraque" ~ 15185,
Ciudad.de.ubicación == "policarpa" ~ 52540,
Ciudad.de.ubicación == "ospina" ~ 52506,
Ciudad.de.ubicación == "susa" ~ 25779,
Ciudad.de.ubicación == "cerinza" ~ 15162,
Ciudad.de.ubicación == "gachantivá" ~ 15293,
Ciudad.de.ubicación == "panqueba" ~ 15522,
Ciudad.de.ubicación == "el litoral san juan" ~ 27250,
Ciudad.de.ubicación == "jerusalén" ~ 25368,
Ciudad.de.ubicación == "simití" ~ 13744,
Ciudad.de.ubicación == "sora" ~ 15762,
Ciudad.de.ubicación == "uribe" ~ 50370,
Ciudad.de.ubicación == "tesalia" ~ 41797,
Ciudad.de.ubicación == "florián" ~ 68271,
Ciudad.de.ubicación == "san josé" ~ 17665,
Ciudad.de.ubicación == "encino" ~ 68264,
Ciudad.de.ubicación == "piamonte" ~ 19533,
Ciudad.de.ubicación == "sativanorte" ~ 15720,
Ciudad.de.ubicación == "quipile" ~ 25596,
Ciudad.de.ubicación == "campohermoso" ~ 15135,
Ciudad.de.ubicación == "chivor" ~ 15236,
Ciudad.de.ubicación == "recetor" ~ 85279,
Ciudad.de.ubicación == "el dorado" ~ 50270,
Ciudad.de.ubicación == "macanal" ~ 15425,
Ciudad.de.ubicación == "san sebastián" ~ 19693,
Ciudad.de.ubicación == "carurú" ~ 97161,
Ciudad.de.ubicación == "filadelfia" ~ 17272,
Ciudad.de.ubicación == "el rosario" ~ 52256
)
)
is.na(COVID19_Colombia$Codigo)
COVID19_Colombia <- merge(COVID19_Colombia, municipioscolombia, by.x="Codigo", by.y="Codigo", all.x=TRUE)
COVID19_Colombia <- arrange(COVID19_Colombia,ID.de.caso)
COVID19_Colombia <- select(COVID19_Colombia, -c(Nombre,Codigo_departamento, Nombre_departamento ))
by_ubic_aten <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación, COVID19_Colombia$atención )
by_atencion <- by_ubic_aten %>% summarise(n = n())
by_atencion
by_atencioncasos <- COVID19_Colombia %>% group_by( COVID19_Colombia$atención)
by_atencioncantidad <- by_atencioncasos %>% summarise(n = n())
transf_casos<-data.frame(t(by_atencioncantidad))
tabla_nameatencion<-by_atencioncantidad$`COVID19_Colombia$atención`
colnames(transf_casos)<-tabla_nameatencion
by_depart_atencion <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito, COVID19_Colombia$atención)
by_depart <- by_depart_atencion %>% summarise(n = n())
by_depart
by_cant_departamento <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito)
by_cant_depart <- by_cant_departamento %>% summarise(n = n())
by_mapdepartamento <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación , Latitud, Longitud)
by_map_depart <- by_mapdepartamento %>% summarise(n = n())
by_map_depart %>% summarise(n = sum(n))
by_map_depart %>%
ungroup() %>%
summarise(n = sum(n))
by_depart_estado <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito, COVID19_Colombia$Estado )
by_departestado <- by_depart_estado %>% summarise(n = n())
by_departestado
byfechareporteweb <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$fecha.reporte.web )
by_fecha_reporte_web <- byfechareporteweb %>% summarise(n = n())
by_fecha_reporte_web %>% summarise(n = sum(n))
by_fecha_reporte_web %>%
ungroup() %>%
summarise(n = sum(n))
by_Relacionado <- filter(COVID19_Colombia, COVID19_Colombia$Tipo == "Relacionado")
by_fechaportipo <- by_Relacionado %>% group_by(by_Relacionado$fecha.reporte.web , by_Relacionado$Tipo )
by_fec_por_tipo <- by_fechaportipo %>% summarise(n = n())
by_fec_por_tipo %>% summarise(n = sum(n))
by_fec_por_tipo %>%
ungroup() %>%
summarise(n = sum(n))
by_caldas <- filter(COVID19_Colombia, COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito == "Caldas")
by_caldasatencionmunuc <- by_caldas %>% group_by(by_caldas$Ciudad.de.ubicación, by_caldas$atención )
by_caldas_atencion_munuc <- by_caldasatencionmunuc %>% summarise(n = n())
by_caldasatipo <- by_caldas %>% group_by(by_caldas$Ciudad.de.ubicación , by_caldas$Tipo)
by_caldas_tipo <- by_caldasatipo %>% summarise(n = n())
by_caldasacant <- by_caldas %>% group_by(by_caldas$Ciudad.de.ubicación)
by_caldas_cant <- by_caldasacant %>% summarise(n = n())
by_quindio <- filter(COVID19_Colombia, COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito == "Quindío" )
by_quindioatencionmunuc <- by_quindio %>% group_by(by_quindio$Ciudad.de.ubicación, by_quindio$atención )
by_quindio_atencion_munuc <- by_quindioatencionmunuc %>% summarise(n = n())
by_quindioatipo <- by_quindio %>% group_by(by_quindio$Ciudad.de.ubicación , by_quindio$Tipo)
by_quindio_tipo <- by_quindioatipo %>% summarise(n = n())
by_quindioacant <- by_quindio %>% group_by(by_quindio$Ciudad.de.ubicación)
by_quindio_cant <- by_quindioacant %>% summarise(n = n())
N <- 48258494
SIR <- function(time, state, parameters) {
par <- as.list(c(state, parameters))
with(par, {
dS <- -beta/N * I * S
dI <- beta/N * I * S - gamma * I
dR <- gamma * I
list(c(dS, dI, dR))
})
}
by_fecha_caso <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$fecha.reporte.web , COVID19_Colombia$atención )
byfechacaso <- by_fecha_caso %>% summarise(n = n())
byfechacaso
library(tidyr)
tipocasos <- byfechacaso %>%
tidyr::pivot_wider(names_from = "COVID19_Colombia$atención", values_from = "n", values_fill = list(n = 0)) %>%
dplyr::ungroup()
tipocasos <-tipocasos %>%mutate(activo = sum(tipocasos$Casa + tipocasos$`Hospital UCI` + tipocasos$Hospital) ) %>%
mutate(
confirmed_cum = cumsum(Casa),
death_cum = cumsum(Fallecido),
recovered_cum = cumsum(Recuperado),
active_cum = cumsum(activo)
)
tipocasos
library(lubridate)
sir_start_date <- "2020-03-06"
sir_end_date <- "2020-10-20"
Infected <- subset(tipocasos, tipocasos$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` >= ymd(sir_start_date) & tipocasos$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` <= ymd(sir_end_date))$active_cum
Infected
Day <- 1:(length(Infected))
N <- 48258494
init <- c(
S = N - Infected[1],
I = Infected[1],
R = 0
)
RSS <- function(parameters) {
names(parameters) <- c("beta", "gamma")
out <- ode(y = init, times = Day, func = SIR, parms = parameters)
fit <- out[, 3]
sum((Infected - fit)^2)
}
library(deSolve)
Opt <- optim(c(0.5, 0.5),
RSS,
method = "L-BFGS-B",
lower = c(0, 0),
upper = c(1, 1)
)
Opt$message
Opt_par <- setNames(Opt$par, c("beta", "gamma"))
Opt_par
t <- 1:as.integer(ymd(sir_end_date)-2 - ymd(sir_start_date))
fitted_cumulative_incidence <- data.frame(ode(
y = init, times = t,
func = SIR, parms = Opt_par
))
library(dplyr)
fitted_cumulative_incidence <- fitted_cumulative_incidence %>%
mutate(
Date = ymd(sir_start_date) + days(t - 1),
cumulative_incident_cases = Infected
)
Opt_par
R0 <- as.numeric(Opt_par[1] / Opt_par[2])
R0
poblacion_infectada <- (1 - (1 / R0)) *100
poblacion_infectada
by_fecha_reporte_ubic_depart <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$fecha.reporte.web , COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación,COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito )
byfechareportenubicdepart <- by_fecha_reporte_ubic_depart %>% summarise(n = n())
byfechareportenubicdepart
library(tidyr)
tiemposeries<- byfechareportenubicdepart %>%
tidyr::pivot_wider(names_from = "COVID19_Colombia$fecha.reporte.web", values_from = "n", values_fill = list(n = 0)) %>%
dplyr::ungroup()
by_ciudad_caso <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación,COVID19_Colombia$Latitud ,COVID19_Colombia$Longitud , COVID19_Colombia$atención )
byciudadcaso <- by_ciudad_caso %>% summarise(n = n())
byciudadcaso
library(tidyr)
tipociudadcasos <- byciudadcaso %>%
tidyr::pivot_wider(names_from = "COVID19_Colombia$atención", values_from = "n", values_fill = list(n = 0)) %>%
dplyr::ungroup()
tipociudadcasos <-tipociudadcasos %>%
mutate(
confirmed_cum = cumsum(Casa),
death_cum = cumsum(Fallecido),
recovered_cum = cumsum(Recuperado),
)
tipociudadcasos
by_fecha_n <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$fecha.reporte.web )
byfechan <- by_fecha_n %>% summarise(n = n())
byfechan
ggplot(byfechan, aes(x = byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`, y = n )) +
geom_line(color = "goldenrod") +
scale_x_date(date_labels = "%b %d",date_breaks = "7 day") +
theme_classic()+
ggtitle("Evolution del Coronavirus semanal") +
xlab("Semanal ") +
ylab("Cantidad de Casos ")
byfechan$month <- format(byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` , format = "%m")
byfechan$day_num <- format(byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` , format = "%d")
library(colortools)
library(scales)
month_pal <- sequential("tomato", 10, what = "value", s = 0.9, alpha = 0.9, fun = "log")
library(stats)
library(forecast)
byfechan_ts <- ts(byfechan$n,start = 03, end = 06,freq = 7)
byfechan_stl <- stl(byfechan_ts, s.window = "period")
plot(byfechan_stl)
monthplot(byfechan_ts, choice = "seasonal")
seasonplot(byfechan_ts)
COVID19_Colombia$Estado <-gsub("leve", "Leve", COVID19_Colombia$Estado)
COVID19_Colombia$Estado <-gsub("LEVE", "Leve", COVID19_Colombia$Estado)
COVID19_Colombia$Estado <-gsub("MO", "Moderado", COVID19_Colombia$Estado)
COVID19_Colombia$Estado <-gsub("ModeradoDERADO", "Moderado", COVID19_Colombia$Estado)
by_fecha_estado <- COVID19_Colombia %>% group_by(COVID19_Colombia$fecha.reporte.web , COVID19_Colombia$Estado )
byfechaestado <- by_fecha_estado %>% summarise(n = n())
byfechaestado
confirmed_color <- "purple"
hospital_color <- "forestgreen"
home_color <- "goldenrod"
hospitaluci_color <- "darkviolet"
recuperado_color <- "dodgerblue"
death_color <- "red"
```
Resumen
=======================================================================
Row
-----------------------------------------------------------------------
### Confirmados {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(sum(by_atencioncantidad$n), big.mark = ","), "", sep = " "),
caption = "Total casos confirmados",
icon = "fas fa-user-md",
color = confirmed_color)
```
### En Casa {.value-box}
```{r}
casoscasa <- subset(by_atencioncantidad, by_atencioncantidad$`COVID19_Colombia$atención` == "Casa" )
valueBox(casoscasa, caption = "Pacientes en Casa", icon="fas fa-user-md", color = home_color)
```
### Fallecidos {.value-box}
```{r}
casoscasa <- subset(by_atencioncantidad, by_atencioncantidad$`COVID19_Colombia$atención` == "Fallecido" )
valueBox(casoscasa, caption = "Fallecidos", icon="fas fa-user-md",color = death_color)
```
### Hospitalizados {.value-box}
```{r}
casoscasa <- subset(by_atencioncantidad, by_atencioncantidad$`COVID19_Colombia$atención` == "Hospital" )
valueBox(casoscasa, caption = "Hospitalizados", icon="fas fa-user-md",color = hospital_color)
```
### Hospitalizados en UCI {.value-box}
```{r}
casoscasa <- subset(by_atencioncantidad, by_atencioncantidad$`COVID19_Colombia$atención` == "Hospital UCI" )
valueBox(casoscasa, caption = "Hospitalizados en UCI", icon="fas fa-user-md",color = hospitaluci_color)
```
### Recuperados {.value-box}
```{r}
casoscasa <- subset(by_atencioncantidad, by_atencioncantidad$`COVID19_Colombia$atención` == "Recuperado" )
valueBox(casoscasa, caption = "Recuperados", icon="fas fa-user-md",color = recuperado_color)
```
Row
-------------------------------------
### Covid 2019 Colombia
```{r}
library(ggplot2)
library(dplyr)
colnames(by_atencioncantidad)
by_atencioncantidad <- by_atencioncantidad %>% rename(Atención = `COVID19_Colombia$atención`)
by_atencioncantidad %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=Atención, y=n, fill=Atención ) ) +
geom_bar(stat="identity")+
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.direction = "vertical",
legend.position="bottom",
legend.justification = "right",
legend.margin = margin(t = 2, r = 0, b = 2, l = 2, unit = "mm")
) +
xlab("") +
ylab("Cantidad de Casos con Covid19 Colombia")
```
### Covid Colombia
```{r}
library(ggplot2)
library(gganimate)
library(magick)
tipocasos <- tipocasos %>% rename(Fecha_Reporte_web = `COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`)
animated_plot <-
ggplot(tipocasos, aes( x = Fecha_Reporte_web)) +
geom_line(aes(y = tipocasos$Recuperado ), colour = "blue") +
geom_line(aes(y = tipocasos$Casa ), colour = "yellow") +
geom_line(aes(y = tipocasos$`Hospital UCI` ), colour = "darkviolet") +
geom_line(aes(y = tipocasos$Hospital ), colour = "green") +
geom_line(aes(y = tipocasos$Fallecido ), colour = "red") +
labs(
y = "Cantidad por Tipos de Atención",
x = "Mes",
title = "Clasificación de la Atención ",
subtitle = "(Rojo=Fallecido, Verde=Hospital, Morado=UCI, Amarillo=Casa, Azul=Recuperado)"
) +
theme_light()
animated_plot
```
Row
-------------------------------------
### Gráfica coord_polar
```{r}
ggplot(byfechaestado, aes(x = byfechaestado$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` , y = byfechaestado$n , fill = byfechaestado$`COVID19_Colombia$Estado` )) +
geom_hline(yintercept = byfechaestado$n, colour = "black", size = .2, lty = 2) +
geom_col(width = 30, alpha = 1, col = "black") +
scale_y_continuous(name = "Número de casos", byfechaestado$n) +
scale_fill_brewer(palette = "Dark2") +
scale_x_date(labels = date_format("%b"), breaks = date_breaks("months"))+
theme_light() +
coord_polar() +
ggtitle("Casos Covid_19 Colombia por estado del paciente",
"Fuente: Portal de Datos Abiertos -
www.datos.gov.co, la fecha de la última 20 de octubre de 2020") +
theme(legend.position = "top",
text = element_text(color = "black"),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
axis.text = element_text(color = "darkviolet"),
plot.title = element_text(hjust = .9, face = "bold"),
plot.subtitle = element_text(hjust = .9, lineheight = 1.3),
axis.title.y = element_text(hjust = .80, face = "bold"),
axis.line = element_blank(),
axis.ticks.x = element_blank(),
axis.text.x = element_text(margin = margin(-.2, -.2, -.2, -.2, unit = "in")))+
xlab("") +
ylab("Meses")
```
Departamentos
=======================================================================
Column {data-height=600}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
library(ggplot2)
by_depart %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_depart$`COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito`, y=by_depart$n, fill=by_depart$`COVID19_Colombia$atención` ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("Cantidad de Casos por Departamento")
```
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
library(ggplot2)
by_cant_depart <- by_cant_depart %>% rename(Cantidad_Casos = n)
by_cant_depart %>%
ggplot( aes(x=by_cant_depart$`COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito`, y=Cantidad_Casos) ) +
geom_segment( aes(x=by_cant_depart$`COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito` ,xend=by_cant_depart$`COVID19_Colombia$Departamento.o.Distrito`, y=0, yend=Cantidad_Casos), color="darkblue") +
geom_point(size=7, color="forestgreen") +
geom_text(aes(label=Cantidad_Casos), size = 2, color="white")+
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position="none"
) +
xlab(" Municipos de Colombia")
```
Mapa Casos
=======================================================================
Column {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Mapa casos Covid
```{r}
library(leaflet)
leaflet() %>% addTiles() %>%
addProviderTiles(providers$Stamen.Toner) %>%
addCircleMarkers(radius = 8,fill = 0.8,color = "crimson",
lng=by_map_depart$Longitud , lat=by_map_depart$Latitud ,
popup = paste(by_map_depart$`COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación`,
by_map_depart$n,
sep = " "))
```
### Mapa casos Covid
```{r}
leaflet(by_map_depart) %>% addTiles() %>%
addProviderTiles(providers$Esri.NatGeoWorldMap) %>%
addCircles(lng = by_map_depart$Longitud, lat =by_map_depart$Latitud, weight = 3,color="darkblue",radius =~sqrt(n/2)*2000,
popup = paste(by_map_depart$`COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación`,
by_map_depart$n,
sep = " ")
)
```
Column {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Mapa casos Covid
```{r}
library("ggplot2")
library("dplyr")
pal <- colorFactor(c("goldenrod", "red","forestgreen","darkviolet","gray", "dodgerblue"), domain = c("Casa", "Fallecido","Hospital","Hospital UCI","N/A", "Recuperado"))
leaflet(byciudadcaso) %>% addTiles() %>%
addProviderTiles(providers$Stamen.Toner) %>%
addCircles(lng = byciudadcaso$`COVID19_Colombia$Longitud` , lat = byciudadcaso$`COVID19_Colombia$Latitud`,color = ~pal(byciudadcaso$`COVID19_Colombia$atención`),fillOpacity = 0.7,stroke=FALSE,
radius =~4 * log(n)* 2000, popup = paste(byciudadcaso$`COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación`, byciudadcaso$`COVID19_Colombia$atención` ,
byciudadcaso$n,
sep = " ")
) %>%
addLegend("bottomright", pal = pal, values = byciudadcaso$`COVID19_Colombia$atención`,
title = "Tipo Atencion",
labFormat = labelFormat(prefix = ""),
opacity = 1
)
```
### Los municipos con mas casos
```{r}
library(treemap)
treemap(by_map_depart,
index="COVID19_Colombia$Ciudad.de.ubicación",
vSize="n",
type="index",
title="",
palette="Dark2",
border.col=c("black"),
border.lwds=1,
fontsize.labels=0.5,
fontcolor.labels="white",
fontface.labels=1,
bg.labels=c("transparent"),
align.labels=c("left", "top"),
overlap.labels=0.5,
inflate.labels=T
)
```
Evolución
=======================================================================
Column {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
by_fecha_reporte_web <- by_fecha_reporte_web %>% rename(Fecha_Reporte_web = `COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`)
by_fecha_reporte_web %>%
ggplot( aes(x=Fecha_Reporte_web, y=n,label = n )) +
geom_line(color="dodgerblue", size=1.0) +
geom_point(color="darkviolet", size=6.5) +
geom_text(aes(label=n), size = 2.0, color="white")+
ggtitle("Evolution del Coronavirus por fecha") +
ylab("casos coronavirus") +
xlab("Mes")
```
```{r}
by_fec_por_tipo %>%
ggplot( aes(x=by_fec_por_tipo$`by_Relacionado$fecha.reporte.web` , y=n,label = n , size=by_fec_por_tipo$`by_Relacionado$Tipo` )) +
geom_line(color="goldenrod", size=1.0) +
geom_point(color="forestgreen", size=5.8) +
geom_text(aes(label=n), size = 2, color="white")+
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.60, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("Fechas Casos Relacionados") +
ylab("Cantidad de Casos como Relacionados")
```
Column {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
ggplot(byfechan, aes(x = byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` , y = n )) +
geom_line() +
scale_x_date(date_labels = "%b %d") +
geom_smooth(method = "loess", se = FALSE, span = 0.6) +
theme_classic()+
ggtitle("Evolution del Coronavirus por mes") +
xlab("Meses") +
ylab("Cantidad de Casos ")
```
```{r}
seasonal <- ggplot(byfechan, aes(x =day_num, y = n , group = month, color = month)) +
geom_line(aes(color = month)) +
theme_classic() +
scale_color_manual(values=c("navajowhite", "goldenrod", "dodgerblue", "forestgreen","darkviolet","red", "green", "black"))+
ggtitle("Evolution del Coronavirus por mes") +
xlab("Dias ") +
ylab("Cantidad de Casos ")
seasonal
```
Caldas
=======================================================================
Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Tipo de atención de los pacientes
```{r}
by_caldas_atencion_munuc %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_caldas_atencion_munuc$`by_caldas$Ciudad.de.ubicación`, y=by_caldas_atencion_munuc$n, fill=by_caldas_atencion_munuc$`by_caldas$atención` ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("Cantidad de Casos por Tipo Atención CALDAS")
```
### Tipo de Caso (Importado/ Relacionado)
```{r}
by_caldas_tipo %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_caldas_tipo$`by_caldas$Ciudad.de.ubicación`, y=by_caldas_tipo$n, fill=by_caldas_tipo$`by_caldas$Tipo` ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("TIpo (Importado/relacionado) CALDAS")
```
Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Cantidad de Casos en Caldas
```{r}
by_caldas_cant %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_caldas_cant$`by_caldas$Ciudad.de.ubicación` , y=by_caldas_cant$n, fill=by_caldas_cant$n ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("Cantidad de Casos en Caldas")
```
### Cantidad
```{r}
library(reactable)
orange_pal <- function(x) rgb(colorRamp(c("
by_caldas_cant<- by_caldas_cant %>% rename(Municipios_Caldas = `by_caldas$Ciudad.de.ubicación`)
by_caldas_cant<- by_caldas_cant %>% rename(Catidad_Casos = n)
reactable(by_caldas_cant, defaultSorted = list(Catidad_Casos = "desc"), columns = list(
Catidad_Casos = colDef(style = function(value) {
normalized <- (value - min(by_caldas_cant$Catidad_Casos)) / (max(by_caldas_cant$Catidad_Casos) - min(by_caldas_cant$Catidad_Casos))
color <- orange_pal(normalized)
list(background = color)
})
))
```
Quindío
=======================================================================
Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Tipo de atención de los pacientes
```{r}
by_quindio_atencion_munuc %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_quindio_atencion_munuc$`by_quindio$Ciudad.de.ubicación`, y=by_quindio_atencion_munuc$n, fill=by_quindio_atencion_munuc$`by_quindio$atención` ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("Cantidad de Casos por Tipo Atención Quindío")
```
### Tipo de Caso (Importado/ Relacionado)
```{r}
by_quindio_tipo %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_quindio_tipo$`by_quindio$Ciudad.de.ubicación`, y=by_quindio_tipo$n, fill=by_quindio_tipo$`by_quindio$Tipo` ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("TIpo (Importado/relacionado)QUINDÍO")
```
Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Cantidad de Casos en Caldas
```{r}
by_quindio_cant %>%
arrange(n) %>%
ggplot( aes(x=by_quindio_cant$`by_quindio$Ciudad.de.ubicación`, y=by_quindio_cant$n , fill=by_quindio_cant$n ) ) +
geom_bar(stat="identity", position=position_stack()) +
coord_flip() +
theme(
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
legend.position = c(.95, .95),
legend.box.background = element_rect(color="green", size=1),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.box.just = "right",
legend.margin = margin(6, 6, 6, 6)
) +
xlab("") +
ylab("Cantidad de Casos en QUINDÍO")
```
### Cantidad
```{r}
library(DT)
by_quindio_cant %>%
datatable(rownames = FALSE,
colnames = c("Municipio", "Cantidad"),
options = list(pageLength = nrow(by_caldas_cant), dom = 'tip'),
class = "display",
callback = JS("return table;"),
caption = NULL, filter = c("none", "bottom", "top"), escape = TRUE,
style = "default", width = NULL, height = NULL, elementId = NULL,
autoHideNavigation = getOption("DT.autoHideNavigation", NULL),
selection = c("multiple", "single", "none"), extensions = list(),
plugins = NULL, editable = FALSE)
```
SIR
=======================================================================
Row
-------------------------------------
### Elpicodelapandemia {.value-box}
```{r}
fit <- fitted_cumulative_incidence
pico <- fit[fit$I == max(fit$I), c("Date", "I")]
valueBox(value = format(pico,digits=3),
caption = "Supuestos pico pandemia - Fecha y Numero Infectados",
icon = "fas fa-user-md",
color = "maroon")
```
### casosseveros {.value-box}
```{r}
max_infected <- max(fit$I)
max <- max_infected * 0.2
valueBox(value = paste(format(max,digits=3)),
caption = "Supuestos Casos severos con Covid19",
icon = "fas fa-user-md",
color = "forestgreen")
```
### casosUCI {.value-box}
```{r}
uci <-max_infected * 0.06
valueBox(value = paste(format(uci,digits=3)),
caption = "Supuestos Casos necesitarían UCI",
icon = "fas fa-user-md",
color = "forestgreen")
```
### casosfallecidos {.value-box}
```{r}
fallecidos <- max_infected * 0.045
valueBox(value = paste(format(fallecidos,digits=3)),
caption = "Supuestos Casos fallecidos supuestos",
icon = "fas fa-user-md",
color = "gray")
```
Row
-------------------------------------
### SIR Colombia.
```{r}
library(ggplot2)
fitted_cumulative_incidence %>%
ggplot(aes(x = Date)) +
geom_line(aes(y = I), colour = "maroon") +
geom_point(aes(y = cumulative_incident_cases), colour = "forestgreen") +
labs(
y = "Infectados acumulados",
title = "COVID-19 casos esperados SIR model VS casos observados",
subtitle = "(marrón = confirmados esperados por SIR, verde = observados)"
) +
theme_minimal()
```
### SIR Colombia. La variable "y" se mide en una escala log
```{r}
fitted_cumulative_incidence %>%
ggplot(aes(x = Date)) +
geom_line(aes(y = I, colour = "Infecciosos")) +
geom_line(aes(y = S, colour = "Susceptibles")) +
geom_line(aes(y = R, colour = "Recuperados")) +
geom_point(aes(y = cumulative_incident_cases, colour = "Esperados")) +
scale_y_log10(labels = scales::comma) +
labs(
y = "Personas",
title = "COVID-19 casos esperados SIR model VS casos observados"
) +
scale_colour_manual(
name = "",
values = c( Susceptibles = "black",Esperados = "forestgreen",Recuperados = "yellow", Infecciosos= "red"),
labels = c("Esperados","Infecciosos", "Recuperados", "Susceptibles")
) +
theme_minimal()
```
Time Series
=======================================================================
Column {data-height=600}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
ggplot(byfechan, aes(x=byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web` , y=n))+
geom_point(colour="dodgerblue")+
theme_classic()+
labs(
y = "cantidad Casos",
x = "Fechas",
title = "Casos Covid ")
```
```{r}
datebreaks <- seq(as.Date("2020-03-02"), as.Date("2020-10-26"), by="1 week")
ggplot(byfechan, aes(x=byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`, y=n))+
geom_point(colour="forestgreen")+
scale_x_date(breaks=datebreaks)+
theme_classic()+
theme(axis.text.x = element_text(angle=30, hjust=1))+
labs(
y = "cantidad Casos",
x = "semanas",
title = "Casos Covid por semana")
```
Column {data-height=600}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
ggplot(byfechan, aes(x=byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`, y=n))+
geom_point(colour="darkviolet")+
scale_x_date(breaks=datebreaks,labels=date_format("%d %b"))+
theme_classic()+
theme(axis.text.x = element_text(angle=30, hjust=1))+
labs(
y = "cantidad Casos",
x = "semanas",
title = "Casos Covid por semana")
```
```{r}
ggplot(byfechan, aes(x = byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`, y = n )) +
geom_line(color = "goldenrod") +
scale_x_date(date_labels = "%b %d",date_breaks = "7 day") +
theme_classic()+
ggtitle("Evolution del Coronavirus semanal") +
xlab("Semanal ") +
ylab("Cantidad de Casos ")
```
ForeCasting
=======================================================================
Column {data-height=400}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
ds <- byfechan$`COVID19_Colombia$fecha.reporte.web`
y <- byfechan$n
df <- data.frame(ds,y)
library(prophet)
m <- prophet(df)
future = make_future_dataframe(m,periods = 56)
forecast <- predict(m, future)
plot(m,forecast)
```
```{r}
dyplot.prophet(m, forecast)
```
Column {data-height=400}
-----------------------------------------------------------------------
```{r}
prophet_plot_components(m,forecast)
pred <- forecast$yhat[1:226]
actual <- m$history$y
plot(actual,pred ) +
abline(lm(pred~actual), col ="forestgreen")
```
Información
=======================================================================
**Datos**
* 20 de octbre de 2020 actualización de los datos objeto del uso y/o transformación.
https://www.datos.gov.co/Salud-y-Protecci-n-Social/Casos-positivos-de-COVID-19-en-Colombia/gt2j-8ykr/data
**Modelo SIR (Susceptible, Infectada y Recuperada)**
SIR <- function(time, state, parameters) {
par <- as.list(c(state, parameters))
with(par, {
dS <- -beta/N * I * S
dI <- beta/N * I * S - gamma * I
dR <- gamma * I
list(c(dS, dI, dR))
})
}
**Aprendizaje r**
La información esta haciendo utilizada con fines de educación sobre el Leguaje de programación R.
**Packages**
* Dashboard interface - the [flexdashboard](https://rmarkdown.rstudio.com/flexdashboard/) package.
* Visualization - the [plotly](https://plot.ly/r/) package for the plots and [leaflet](https://rstudio.github.io/leaflet/) for the map
* Data manipulation - [dplyr](https://dplyr.tidyverse.org/), and [tidyr](https://tidyr.tidyverse.org/)
* Tables - the [DT](https://rstudio.github.io/DT/) package
*Solvers for Initial Value Problems of Differential Equations (ODE, DAE, DDE) - install.packages("deSolve")
library(deSolve)
**Referencias**
* Modelo SIR
Para enteder como funciona el Modelo SIR, leí los links que se muestran a continuación para utilizarlo con los datos abiertos de Colombia, para crear el DashBoard y el Modelo SIR.
https://www.statsandr.com/blog/how-to-create-a-simple-coronavirus-dashboard-specific-to-your-country-in-r/
https://www.statsandr.com/blog/covid-19-in-belgium/
https://blog.ephorie.de/epidemiology-how-contagious-is-novel-coronavirus-2019-ncov
**N población total colombiana 48 258 494 segun el DANE**
https://www.dane.gov.co/index.php/estadisticas-por-tema/demografia-y-poblacion/censo-nacional-de-poblacion-y-vivenda-2018/cuantos-somos
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